- เครื่องมือจัดฟันอาจทำให้เกิดความระคายเคือง หรือเกิดแผลบริเวรณเหงือก แก้ม และริมฝีปากได้ ปกติแล้วภายหลังจากการพบทันตแพทย์เพื่อทำการปรับเครื่องมือในแต่ละครั้ง มักจะทำให้เกิดอาการตึงหรือปวดฟันบ้าง โดยที่ช่วงเวลาและระดับความรู้สึกดังกล่าว จะไม่เท่ากันในแต่ละราย โดยทั่วไปความรู้สึกปวดหรือตึง ฟันมักจะค่อย ๆ ลดลงไปภายใน 24-28 ชั่วโมง หลังจากการปรับเครื่องมือ แต่ถ้ามีอาการผิดปกติ หรือมีเครื่องมือหักหลุดเกิดขึ้นผู้ป่วยควรจะแจ้งให้ทันตแพทย์ทราบโดยเร็ว เพื่อแก้ไขหรือป้องกันมิให้เกิดเครื่องมือหลวมหลุดเข้าคอ
- การใช้เครื่องมือจัดฟันชนิดนอกช่องปากซึ่งมีความจำเป็นในผู้ป่วยบางราย ควรใช้โดยความระมัดระวัง เพราะอาจก่อให้เกิดอุบัติเหตุต่อใบหน้าหรือตาได้ ไม่ให้ใส่เครื่องมือนอกช่องปากในขณะเล่นกีฬา เพราะอาจทำให้เกิดอันตรายได้ แม้เครื่องมือจะมีระบบความปลอดภัยไว้แล้วก็ตาม
- โดยมากการจัดฟันเพื่อแก้ไขปัญหาฟันซ้อนเก มักจะต้องมีการถอนฟันบางซี่ หรือ ในการแก้ไขการไม่สมดุลของโครงสร้างขากรรไกรบนและล่าง อาจต้องอาศัยการผ่าตัดกระดูกโครงสร้างใบหน้าร่วมด้วย ผู้ป่วยจึงควรสอบถามถึงปัจจัยเสีี่ยงต่าง ๆ ที่อาจเกิดขึ้น จากการได้รับการบำบัดรักษาดังกล่าวจากทันตแพทย์ผู้ให้การรักษาก่อนการตัดสินใจ
- รูปร่างของฟันที่ผิดปกติหรือการเจริญเติบโตของขากรรไกรมีความไม่สมดุลกันในระหว่างหรือหลังการรักษา หรือมีการขึ้นของฟันที่ช้าผิดปกติ อาจทำให้ต้องได้รับการรักษาเพิ่มเติมหรือบางครั้งอาจต้องจัดฟันร่วมกับการผ่าตัด การที่ผู้ป่วยมีการเจริญเติบโตที่ผิดปกติไม่สมดุลกัน หรือมีการสร้างของฟันที่ผิดปกติเหล่านี้ เป็นกระบวนการทางธรรมชาติที่ทันตแพทย์ไม่สามารถควบคุมได้ และการเปลี่ยนแปลงการเจริญเติบโตภายหลังจากการจัดฟันอาจส่งผลให้เกิดการเปลี่ยนแปลงของผลการรักษา
- ระยะเวลาทั้งหมดที่ต้องใช้ในการจัดฟัน เป็นเรื่องที่อาจไม่สามารถกำหนดได้แน่นอน การมีการเจริญเติบโตของกระดูกที่น้อยหรือมากกว่าปกติ การให้ความร่วมมือที่ไม่ดีพอในการใส่เครื่องมือในแต่ละวัน การไม่รักษาความสะอาดภายในช่องปาก การทำเครื่องมือหลุด และการผิดนัดกับทันตแพทย์ล้วนมีผลให้ระยะเวลาในการรักษาเพิ่มขึ้น และจะมีผลต่อการรักษาที่ผู้ป่วยจะได้รับ
- เนื่องจากขนาดและรูปร่างของฟันในผู้ป่วยบางรายมีความแตกต่างกันอย่างมาก ดังนั้นเพื่อให้ได้ผลในการจัดฟันที่ดีทันตแพทย์จำเป็นต้องใช้การบูรณะฟันเข้าช่วย ซึ่งส่วนใหญ่มักจะได้แก่การอุดฟัน การทำครอบฟันหรือสะพานฟัน และหรือการรับการรักษาทางศัลย์ปริทันต์ โดยทันตแพทย์จะชี้แจงให้ผู้ป่วยทราบเป็นรายๆ ไปตามความจำเป็น
- โรคประจำตัวบางอย่างอาจมีผลต่อการจัดฟัน ผู้ป่วยควรแจ้งแก่ทันตแพทย์ทราบในกรณีที่มีการเปลี่ยนแปลงของสุขภาพเกิดขึ้น
